Hormis la ressource en eau vitale pour l’ensemble des populations, les milieux aquatiques abritent presque toutes les entités animales, vertébrés et invertébrés. L'ensemble des grands taxons de vertébrés peuple les milieux aquatiques africains.

Certains sont strictement aquatiques comme les poissons ou les amphibiens. Les autres groupes, reptiles, oiseaux et mammifères, vivent essentiellement en milieu terrestre. Toutefois, parmi ceux-ci certaines espèces sont dépendantes des milieux aquatiques et ne s'en quasiment éloignent jamais.

On estime qu’il existe plus de 4 000 espèces de vertébrés dépendant des eaux continentales africaines. Cette importante diversité est parfois menacée, d’autant plus gravement que la distribution de certains taxons est restreinte. Et les menaces sont nombreuses et parfois synergiques :

• Eutrophisation
• Pollutions urbaines, industrielles et agricoles
• Barrages et irrigation
• Modification et utilisation de l’habitat
• Surpêche
• Espèces introduites
• Changement climatique…

Hormis, l’aspect patrimonial et sanitaire, les milieux aquatiques sont aussi des écosystèmes qui permettent aux populations locales de se nourrir. Ainsi dans les pays africains enclavés, les poissons constituent souvent le seul apport protéinique pour les habitants. De même la ressource en eau est absolument indispensable pour le bétail et la culture.